2029年(nián ),公安九课在市容很像香(🍩)港的日本城市(shì )“新港市(🕰)”中执行各种秘密任aaa。九课因为不(bú )顾正当程序的自作主张,强硬行事,往往与政府其他部(bù )门起冲突,例如负责外交的公安六课就(🕌)与九课不合。另一方(✖)面,九课之中的重要人物,全身(shēn )是义体的机械生(shēng )化人草薙素子,对(🖲)于(🔢)自己的现状一直隐隐感到不满。有(yǒu )一天,公安九课因为一(🙀)件外国政要的刺杀未遂案而开(🔔)始(🚻)追查神秘的黑客(kè )“傀儡师”。傀儡师能透过(guò )网(🌮)络入(🗳)侵人脑,植(💹)入虚拟记忆,再利用记忆被(🈸)窜改的对象来达成目的。虽然九课的(de )追查没有成(chéng )功,藏有(yǒu )(🐡)傀儡师的“灵魂”的机械生化人(rén )却自行来到九课。公安六课随后赶来将(jiāng )傀儡师绑走。草(🌸)薙素(sù )子因为在事前就推测(👗)出六课的绑架行动而成功拦截傀儡师。这时发现原来傀儡师并不是人类,而(ér )是公(gōng )安六课设计来非法操纵人类的电脑程式“2501计(jì )划”。2501计划在意(yì )外中产生自(⛎)觉意识,决定逃出六课以(♟)求生存,并且要求和草薙素子的灵魂“融合(hé )”以求进一步发展。草薙素子最后在同事巴特的协助与掩护下完成融合并且(qiě )脱离政府掌(🦀)握,下落不明,其意识(🎛)与整个网络(luò )融(róng )合。